In de Raad van Bestuur zijn de belangrijkste expertises en competenties voor de leiding van het Prinses Máxima Centrum in drie functies vertegenwoordigd: bestuurlijk, medisch en wetenschappelijk. De Raad van Bestuur bestaat uit: prof. dr. René Medema, CSO (wetenschappelijk), drs. Gita Gallé, COO/CFO (bestuurlijk, financiën), prof. dr. Rob Pieters, CMO (medisch). Secretaris van de Raad van Bestuur is mr. Ton van Dooremalen.