Stunnenberg groep

Het algemene doel van onze groep is het genereren en integreren van single-cel data om tumor clonale heterogeniteit en ruimtelijke organisatie te identificeren, om de tumor micro-omgeving (TME) en de communicatie tussen tumoren en de TME te definiëren. Single-cell en ruimtelijke transcriptoom benaderingen maken het voor het eerst mogelijk om tienduizenden afzonderlijke cellen waaruit de tumor is opgebouwd moleculair te definiëren en hun specifieke rol in tumorinitiatie en -onderhoud af te leiden.

We bouwden een glioblastoma atlas met enkel-cel resolutie in volwassen patiënten die verschillende studies compileert en een gecureerde referentiekaart creëert. Onze bron biedt een gemakkelijk te gebruiken platform voor celannotatie en het genereren van hypothesen. Daarnaast blijven we de cel heterogeniteit bestuderen en hoe in hooggradige glioma's bij kinderen, de tumor is georganiseerd in verschillende cellulaire gemeenschappen om de rol van de tumor micro-omgeving (TME) in het gedrag en de ontwikkeling van kanker te begrijpen en te ontrafelen. Tenslotte zal de lokale signalisatie-omgeving tussen kankercellen en TME bestudeerd worden in intacte weefsels met behulp van ruimtelijke transcriptomics.

Dit project heeft tot doel een uitgebreide single-cell referentie map op te stellen van humane patiënt-afgeleide organoiden en gematchte primaire cellen om genexpressie en open chromatine profielen van dezelfde cel te genereren. Met de referentiekaart beogen we een beter inzicht te verschaffen tussen en begrip van gezondheid en ziekte.

Acute Myeloïde Leukemie (AML) is een agressieve hematopoietische maligniteit met een lage overall overleving; volwassen en pediatrische AML patiënten hebben een hoog risico op herval. Om inzicht te krijgen in de klonale heterogeniteit tijdens ziekteprogressie, voeren we een diepgaande (epi)genoomanalyse en single-cell RNA sequencing uit van beenmerg bij diagnose en recidief. In samenwerking met de Zwaan en Heidenreich groepen, richten we ons op diagnose-relapse paren in kinder AML. Deze experimenten zullen ons inzicht in de klonale evolutie en behandelingsgerelateerde veranderingen in de samenstelling bevorderen.